合并峰位点
在学习如何给峰位点注释之前，先看看如何获得一个包含所有样本调用结果的合并峰集合会很有帮助。ChIPpeakAnno 包为此提供了 findOverlapsOfPeaks() 函数。它允许将最多 5 个样本的峰集合（表示为 GenomicRanges）进行合并。
在使用该函数之前，您需要先从之前创建的 ChIPQCexperiment 对象中提取峰调用信息。您可以通过 peaks() 函数获取峰的位置。请注意，这将返回"所有"样本的峰调用，其中也包含未通过 QC 的样本。我们在 QC 步骤中选择用于后续分析的样本索引向量可通过 qc_pass 获取。
本练习是课程的一部分
在 R 中使用 Bioconductor 进行 ChIP-seq 分析
练习说明
- 从 ChIPQCexperiment 对象中提取峰。
- 丢弃所有未通过 QC 的样本。
- 使用
findOverlapsOfPeaks()函数查找各峰集合之间的重叠。 - 查看
mergedPeaks条目中的合并峰集合。
交互式实操练习
通过完成这段示例代码来试试这个练习。
# Extract peaks from ChIPQCexperiment object
peak_calls <- ___(ar_calls)
# Only keep samples that passed QC
peak_passed <- ___[qc_pass]
# Find overlaps between peak sets
peaks_combined <- ___(peak_passed[[1]], peak_passed[[2]], peak_passed[[3]], peak_passed[[4]], maxgap=50)
# Examine merged peak set
print(___)