过滤 reads
在本练习中，您将通过移除低质量比对的 reads 来进一步清理数据。为此，您需要从 BAM 文件中加载比对质量信息。该信息存储在 mapq 字段中。
本练习是课程的一部分
在 R 中使用 Bioconductor 进行 ChIP-seq 分析
练习说明
- 加载包含每个 read 所附带比对质量信息的
reads。 - 找出所有比对质量至少为 20 的比对。
- 创建一个箱线图，比较高质量与低质量两组的比对质量分布。
- 移除所有低质量比对。
交互式实操练习
通过完成这段示例代码来试试这个练习。
# Load reads with mapping qualities by requesting the "mapq" entries
reads <- readGAlignments(bam_file, param=ScanBamParam(what=___))
# Identify good quality alignments
high_mapq <- mcols(reads)$mapq >= ___
# Examine mapping quality distribution for high and low quality alignments
___(mcols(reads)$mapq ~ high_mapq, xlab="good quality alignments", ylab="mapping quality")
# Remove low quality alignments
reads_good <- subset(reads, ___)