设置模型
在运行组间的实际比较之前，您需要先告诉 DiffBind 各样本分别属于哪些组。最简单的方法是使用 DiffBind 为样本附带的预定义类别。其中包括常用的分组方式，例如每个样本对应的条件或组织类型。您可以通过 categories 参数，并使用 DBA_CONDITION、DBA_TISSUE 等常量来指定要使用的类别。dba.contrast() 的帮助页面提供了所有可用常量的完整列表。
本练习是课程的一部分
在 R 中使用 Bioconductor 进行 ChIP-seq 分析
练习说明
- 检查
ar_binding对象。 - 找出与原发肿瘤（primary）和耐药（TURP）条件相对应的类别。
- 建立对比，以比较这两类肿瘤类型。
- 检查
dba_peaks对象，确认该对比已被添加。
交互式实操练习
通过完成这段示例代码来试试这个练习。
# Examine the ar_binding object
print(___)
# Identify the category corresponding to the tumor type contrast
contrast <- DBA____
# Establish the contrast to compare the two tumor types
dba_peaks <- dba.___(ar_binding, ___=contrast, minMembers=2)
# Examine the dba_peaks object to confirm that the contrast has been added
___(___)