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重新审视 PCA 与热图

既然您已经找出了样本之间的主要差异,现在可以再绘制一组图来比较样本。这些图与您之前看到的非常相似,但这一次只使用差异结合的峰。这样可以减少图中的噪声,更突出差异。DiffBind 的绘图函数提供了 contrast 参数,您可以用它来指定用于选择绘图峰值的比较。在本练习中,您将把原始图与其清理后的对应图进行对比。

本练习是课程的一部分

在 R 中使用 Bioconductor 进行 ChIP-seq 分析

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交互式实操练习

通过完成这段示例代码来试试这个练习。

# Create a PCA plot using all peaks
___(ar_diff, DBA_CONDITION)
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