可视化蛋白质结合差异
PCA 图和系统树都表明，原发肿瘤与耐药肿瘤的样本各自形成了一个簇。 这令人鼓舞，但并不能说明这些差异在数据中具体表现为何。在本练习中，您将创建一个热图， 用于比较各样本间的峰强度。这有助于突出蛋白质结合中的模式，从而区分不同样本组。
跨样本整合后的峰集合已存为 peaks。要基于此创建峰的热图，您需要先知道数据集中共有多少个峰。
合并峰集合的详细信息位于 peaks 的 merged 条目中。
本练习是课程的一部分
在 R 中使用 Bioconductor 进行 ChIP-seq 分析
练习说明
- 打印
peaks对象。 - 获取合并峰的坐标。
- 提取数据中存在的峰数量。
- 使用
dba.plotHeatmap函数创建热图。
交互式实操练习
通过完成这段示例代码来试试这个练习。
# Print the `peaks` object
print(___)
# Obtain the coordinates of the merged peaks
merged_peaks <- peaks$___
# Extract the number of peaks present in the data
peak_count <- nrow(___)
# Create a heatmap using the `dba.plotHeatmap()` function
___(peaks, maxSites = ___, correlations = FALSE)