为峰注释
在前面的练习中，您已经创建了一个包含所有样本合并峰调用的表（此处为 peaks_merged），以及一个包含基因注释的表（此处为 human_genes）。现在需要使用 ChIPpeakAnno 包提供的 annoPeaks() 函数，将这两个表的信息合并。对于每个与某个基因起始位点足够接近的峰（由 bindingRegion 参数决定），该函数会在一个数据框中返回该基因的详细信息。其中包含一列 insideFeature，用于指示该峰相对于该基因所处的位置。
本练习是课程的一部分
在 R 中使用 Bioconductor 进行 ChIP-seq 分析
练习说明
- 用最近的基因为峰进行注释。
- 统计被注释到基因的峰的数量。
- 创建一个汇总表，指示峰相对于基因的位置分布。
交互式实操练习
通过完成这段示例代码来试试这个练习。
# Annotate peaks with closest gene
peak_anno <- ___(peaks_merged, human_genes, bindingType="startSite", bindingRegion=c(-5000,5000))
# How many peaks were found close to genes?
length(___)
# Where are peaks located relative to genes?
table(peak_anno$___)