计算 coverage
现在请将 reads 扩展到平均片段长度，以获得更准确的 coverage 估计。将 reads 向片段长度扩展，可以把来自同一片段两端的 reads 合并为一个 coverage 峰，从而更好地区分真正的峰和背景噪声。
本练习所用的样本 GSM1598218 的 BAM 文件已为您加载。该样本的平均片段长度为 183 bp。reads 已作为名为 reads_gr 的 GRanges 对象提供。
加载本练习所需的数据和 R 包可能需要一些时间。请耐心等待。
本练习是课程的一部分
在 R 中使用 Bioconductor 进行 ChIP-seq 分析
练习说明
- 将 reads 扩展到平均片段长度。
- 计算片段的 coverage。
交互式实操练习
通过完成这段示例代码来试试这个练习。
# Extend reads to the average fragment length of 183 bp
reads_ext <- ___(reads_gr, width=___)
# Compute coverage
cover <- ___(___)