读取 BAM 文件
首先，您将把比对后的 reads 从一个 BAM 文件读入 R。BAM 文件以压缩的二进制格式存储 reads 序列与参考基因组之间的比对信息。在分析基因组数据时，从 BAM 文件加载数据是非常常见的任务。
在本练习中，您会先从一个 BAM 文件加载全部 reads。这很直接，但可能占用大量内存。因此在第二部分，您将学习只加载感兴趣区域内的 reads。
本练习是课程的一部分
在 R 中使用 Bioconductor 进行 ChIP-seq 分析
练习说明
- 使用
readGAlignments()函数从 chr20_bam 文件加载 reads。 - 为 chr20_bam 创建一个
BamViews对象，覆盖第 20 号染色体上 29805000 至 29820000 的区域。 - 再次使用
readGAlignments()仅加载该视图中的 reads。 - 使用
str()检查reads_sub对象。
交互式实操练习
通过完成这段示例代码来试试这个练习。
# Load reads form chr20_bam file
reads <- ___(chr20_bam)
# Create a `BamViews` object for the range 29805000 - 29820000 on chromosome 20
bam_views <- ___(___, bamRanges=GRanges("chr20", IRanges(start=29805000, end=29820000)))
# Load only the reads in that view
reads_sub <- ___(___)
# Inspect the `reads_sub` object
___(reads_sub)