测序数据
ChIP-seq 数据集的基本单位是测序读段（read）。一个完整的数据集通常包含数百万个读段，并存储在 BAM 文件中。本练习中，您将查看读段在 R 中的表示方式，我们使用来自 20 号染色体一小段区域的读段。
读段已为您加载到 R 中，保存在名为 reads 的 GAlignments 对象里。GAlignments 与您在 Bioconductor 入门课程中可能见过的 GenomicRanges 密切相关。借此机会，回顾一下如何与这类对象交互。
请记住，Bioconductor 提供了存取函数，便于提取数据。例如，start() 可提取所有读段的起始坐标。
本练习是课程的一部分
在 R 中使用 Bioconductor 进行 ChIP-seq 分析
练习说明
- 打印
reads对象以查看数据概要。 - 获取第一个读段的起始位置。
- 获取最后一个读段的结束位置。
- 计算所选区域中每个位点被读段覆盖的数量，即使用同名函数计算读段的覆盖度（coverage）。
交互式实操练习
通过完成这段示例代码来试试这个练习。
# Print the 'reads' object to obtain a summary of the data
print(___)
# Get the *start* position of the first read
start_first <- ___(reads)[1]
# Get the *end* position of the last read
end_last <- ___(___)[length(___)]
# Compute the number of reads covering each position in the selected region
cvg <- ___