开始使用免费开始使用

哪些峰位不同?

让我们看看不同样本在峰调用上的差异。基于您之前使用过的合并峰,多少个峰在不同样本之间是共享的?

一种能够回答这个问题的可视化是维恩图。您可以直接使用 dba.plotVenn() 函数从 DBA 对象创建维恩图。另一种选择是使用 UpSet 图,您可以用 UpSetR 包来创建。它用一系列条形图替代维恩图中的椭圆,用来表示各子集的大小。upset() 函数需要您提供一个数据框,其中每个集合(即样本)对应一列,按峰位指示是否属于该集合。所需数据包含在 ar_diff 对象的 called 字段中。

本练习是课程的一部分

在 R 中使用 Bioconductor 进行 ChIP-seq 分析

查看课程

交互式实操练习

通过完成这段示例代码来试试这个练习。

# Create Venn diagram
___(ar_diff, mask=1:4)
编辑并运行代码