移除黑名单区域

在黑名单区域中识别并移除峰，是为后续分析准备数据的重要步骤。本练习将使用 ChIPQC 包中提供的黑名单。该黑名单也可直接从 ENCODE 获取。

在本练习中，峰调用结果保存在 peaks，覆盖度数据在 cover，黑名单区域在 blacklist.hg19。findOverlaps() 函数在这里会很有用。您已在 Bioconductor 入门课程中接触过区间重叠的概念，我们也会在本章稍后再次使用。

加载本练习所需的数据和 R 包可能需要一点时间。请耐心等待。

本练习是课程的一部分

在 R 中使用 Bioconductor 进行 ChIP-seq 分析

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练习说明

找出峰与黑名单区域之间的所有重叠。
使用 Gviz 绘制读段覆盖度、峰调用结果和黑名单区域。
移除所有位于黑名单中的峰。

交互式实操练习

通过完成这段示例代码来试试这个练习。

# Find all overlaps between peaks and blacklisted regions
blacklisted <- ___(peaks, blacklist.hg19, type="within")

# Create a plot to display read coverage together with peak calls and blacklisted regions in the selected region
cover_track <- ___(cover, window=10500, type="polygon", name="Coverage",
                         fill.mountain=c("lighgrey", "lightgrey"), col.mountain="grey")

# Calculate peak_track and region_track, plot plotTracks
peak_track <- ___(peaks, name="Peaks", fill="orange")
region_track <- ___(region, name="Blacklist")
plotTracks(list(ideogram, cover_track, peak_track, region_track, GenomeAxisTrack()),
           chromosome="chr21", from=start(region)-1000, to=end(region)+1000)

# Remove all blacklisted peaks
clean_peaks <- ___[-from(blacklisted)]

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