介绍 ChIP-seq 实验。为什么它有意义？利用 ChIP-seq 能研究哪些现象？我们能从这些实验中学到什么。

什么是 ChIP-seq？

ChIP-seq 回顾

测序数据

峰调用

ChIP-seq 工作流程

热图

产生差异的基因

ChIP-seq 结果总结

理解 ChIP-seq 数据

ChIP-seq 入门

现在正式开始 ChIP-seq 分析。本章将介绍用于导入和清洗数据的 Bioconductor 工具。

导入数据

读取 BAM 文件

读取 BED 文件

更细致地查看峰

细化绘制某一基因组区域

添加注释

清理 ChIP-seq 数据

移除黑名单区域

过滤 reads

将过滤后的数据与原始读段进行比较

评估富集

计算 coverage

峰区域 vs 背景

回归基础——准备 ChIP-seq 数据

本章介绍识别并可视化 ChIP-seq 样本间差异的技术。

差异结合简介

这些样本在您看来相同吗？

样本聚类

可视化蛋白质结合差异

差异结合的检验

加载读段计数

设置模型

拟合模型

重新审视 PCA 与热图

深入解析差异结合

MA 图

火山图

概述蛋白质结合差异

比较 ChIP-seq 样本

能够识别样本组间的差异结合固然重要，但这意味着什么？本章讨论如何解读差异结合结果，从峰值调用走向具有生物学意义的见解。

解读 ChIP-seq 峰

合并峰位点

使用注释

为峰注释

哪些峰位不同？

解读基因列表

将峰与基因关联

寻找共同主题

理解对通路的影响

深入查看通路

高级 ChIP-seq 分析

从峰到基因再到功能

Chromosome 20 dataset

Androgen Receptor ChIP-seq Peaks dataset

ChIP-seq 分析是生物信息学中的重要分支。它让我们得以窥见驱动人体细胞运作的精密机制。无论是帮助您阅读此网页的脑细胞，还是在体内巡逻、搜寻致病微生物的免疫细胞，它们都携带相同的基因组。真正的差异在于在特定时间处于活跃状态的基因。哪些基因被激活由一套复杂的蛋白质系统决定，这些蛋白质可以开启或关闭基因。当这种调控机制失控时，可能会导致癌症等严重疾病。ChIP-seq 分析帮助我们理解调控蛋白的功能、它们如何促成疾病，并为如何干预以防止细胞失控提供思路。在本课程中，您将通过一个真实数据集，学习如何在 R 中处理和分析 ChIP-seq 数据。

Intermediate R

Introduction to Bioconductor in R

使用Bioconductor和人类癌症数据集学习分析和解释ChIP-seq数据。

在 R 中使用 Bioconductor 进行 ChIP-seq 分析

学习如何借助 Bioconductor 分析和解读人类癌症数据集中的 ChIP-seq 数据。

分析基因组数据 在 R 中

MA 图

在 R 中使用 Bioconductor 进行 ChIP-seq 分析

练习说明

交互式实操练习