将峰与基因关联
您已经几乎可以更深入地探索峰、基因及其功能之间的关系了。首先,我们来更仔细地看看峰的位置与基因是如何对应的。为此,chipenrich 包提供了有用的绘图函数。peaks 对象包含了您之前使用的峰的坐标。plot_dist_to_tss() 函数可以绘制峰位置与基因转录起始位点(TSS)之间距离分布的图。
plot_chipenrich_spline() 函数可用于评估相对于基因长度的峰出现频率。除了观察到的频率之外,它还会绘制 Fisher 精确检验、二项模型以及 chipenrich() 函数所用模型的期望分布。
本练习是课程的一部分
在 R 中使用 Bioconductor 进行 ChIP-seq 分析
交互式实操练习
通过完成这段示例代码来试试这个练习。
# Plot distribution of distances between peaks and transcription start sites
___(___, genome = "hg19")