График вулкана
Теперь вы построите график вулкана для визуализации дифференциальной экспрессии в исследовании лейкемии. На таком графике по оси y откладываются логарифм шансов дифференциальной экспрессии, а по оси x — логарифм кратности изменения.
Это упражнение является частью курса
Анализ дифференциальной экспрессии с помощью limma в R
Инструкции к упражнению
В вашем рабочем пространстве уже загружен объект подогнанной модели fit2 из исследования лейкемии, построенной в главе 2. Пакет limma также подключён.
Постройте график вулкана, выделив на нём топ-5 генов.
Подпишите топ-5 генов их символами, передав столбец
symbolфрейма данныхfit2$genesв аргументnames.
Интерактивное практическое упражнение
Попробуйте выполнить это упражнение, дополнив этот пример кода.
# Create a volcano plot. Highlight the top 5 genes
___(fit2, highlight = ___, names = ___)