Матрица контрастов для факториального дизайна 2×2

В факториальном дизайне 2×2 можно задать множество контрастов. Вам нужно проверить различия между типами деревьев при каждом из водных условий, различия в реакции на засуху для каждого типа деревьев, а также различия в реакции на засуху между двумя типами деревьев (традиционно называемые эффектом взаимодействия).

Это упражнение является частью курса

Анализ дифференциальной экспрессии с помощью limma в R

Посмотреть курс

Инструкции к упражнению

Объект eset типа ExpressionSet с данными по тополям и только что созданная матрица дизайна (design) уже загружены в рабочее пространство.

Создайте контраст type_drought, чтобы проверить эффект типа дерева (NM6 против DN34) в условиях засухи.
Создайте контраст water_dn34, чтобы проверить эффект засухи у деревьев DN34.
Создайте член взаимодействия, чтобы проверить различия в реакции на засуху между двумя типами деревьев (подсказка: сопоставьте water_nm6 и water_dn34).

Интерактивное практическое упражнение

Попробуйте выполнить это упражнение, дополнив этот пример кода.

# Load package
library(limma)

# Create a contrasts matrix
cm <- makeContrasts(type_normal = nm6.normal - dn34.normal,
                    type_drought = ___ - ___,
                    water_nm6 = nm6.drought - nm6.normal,
                    water_dn34 = ___ - ___,
                    interaction = (___ - ___) - (___ - ___),
                    levels = design)

# View the contrasts matrix
cm

Редактировать и запускать код