Обогащение путей
Чтобы лучше понять роль дифференциально экспрессируемых генов в исследовании доксорубицина, вы проведёте анализ обогащения известных биологических путей из базы данных KEGG. Какие пути KEGG избыточно представлены среди дифференциально экспрессируемых генов для контрастов "dox_wt" и "interaction"?
Это упражнение является частью курса
Анализ дифференциальной экспрессии с помощью limma в R
Инструкции к упражнению
Объект подогнанной модели fit2 загружен в рабочее пространство. Пакет limma уже подключён.
Извлеките идентификаторы генов Entrez из фрейма данных
fit2$genes.Проверьте обогащение путей KEGG с помощью
keggaдля контраста"dox_wt". Укажите вид"Mm"для Mus musculus.Просмотрите топ-5 обогащённых путей KEGG с помощью
topKEGG.Повторите анализ обогащения путей для контраста
"interaction".
Интерактивное практическое упражнение
Попробуйте выполнить это упражнение, дополнив этот пример кода.
# Extract the entrez gene IDs
entrez <- ___
# Test for enriched KEGG Pathways for contrast dox_wt
enrich_dox_wt <- ___(fit2, coef = ___, geneid = entrez, species = ___)
# View the top 5 enriched KEGG pathways
___(enrich_dox_wt, number = 5)
# Test for enriched KEGG Pathways for contrast interaction
enrich_interaction <- ___(fit2, coef = ___, geneid = ___, species = ___)
# View the top 5 enriched KEGG pathways
___(___, number = ___)