Тест на дифференциальную экспрессию для 3 групп
Теперь, когда матрица плана и матрица контрастов заданы, можно перейти к тесту на дифференциальную экспрессию.
Это упражнение является частью курса
Анализ дифференциальной экспрессии с помощью limma в R
Инструкции к упражнению
В вашем рабочем пространстве загружены: объект ExpressionSet eset с данными по гипоксии, матрица плана (design) и матрица контрастов (cm).
Подберите коэффициенты модели с помощью
lmFit.Подберите контрасты с помощью
contrasts.fit.Рассчитайте t-статистики с помощью
eBayes.Обобщите результаты с помощью
decideTests.
Интерактивное практическое упражнение
Попробуйте выполнить это упражнение, дополнив этот пример кода.
# Load package
library(limma)
# Fit the model
fit <- ___(eset, ___)
# Fit the contrasts
fit2 <- ___(fit, contrasts = ___)
# Calculate the t-statistics for the contrasts
fit2 <- ___(fit2)
# Summarize results
results <- ___(fit2)
summary(results)