Категории генной онтологии
В предыдущем упражнении вы проверяли обогащение биологических путей. Теперь вы протестируете обогащение наборов генов, которые, как известно, влияют на один и тот же биологический процесс, — так называемых категорий генной онтологии (GO). Какие GO-категории избыточно представлены среди дифференциально экспрессирующихся генов в исследовании лейкемии?
Это упражнение является частью курса
Анализ дифференциальной экспрессии с помощью limma в R
Инструкции к упражнению
В вашем рабочем пространстве загружен объект подогнанной модели fit2 из исследования лейкемии (Глава 2). Пакет limma уже подключён.
Извлеките идентификаторы Entrez Gene из фрейма данных
fit2$genes.Проверьте обогащение GO-категорий с помощью функции
goana. Укажите вид"Hs"для Homo sapiens.Просмотрите топ-20 обогащённых GO-категорий с помощью функции
topGO. Установите аргументontologyравным"BP", чтобы получить биологические процессы.
Интерактивное практическое упражнение
Попробуйте выполнить это упражнение, дополнив этот пример кода.
# Extract the entrez gene IDs
entrez <- ___
# Test for enriched GO categories
enrich_go <- ___(fit2[1:500, ], geneid = ___, species = ___)
# View the top 20 enriched GO Biological Processes
___(enrich_go, ontology = ___)