Задание линейной модели для сравнения двух групп
Чтобы выявить дифференциально экспрессируемые гены в эксперименте с лейкемией, вам нужно перевести следующую линейную модель в код на R:
где \(X_{1}\) равно 1 для прогрессирующих форм рака и 0 для стабильных (обратите внимание: R автоматически выбирает базовое условие в алфавитном порядке).
Это упражнение является частью курса
Анализ дифференциальной экспрессии с помощью limma в R
Инструкции к упражнению
Объект ExpressionSet eset с данными по лейкемии уже загружен в вашем рабочем пространстве.
- С помощью
model.matrixпостройте матрицу дизайна, включающую коэффициент для свободного члена и коэффициент, отражающий статус заболевания.
Интерактивное практическое упражнение
Попробуйте выполнить это упражнение, дополнив этот пример кода.
# Create design matrix for leukemia study
design <- ___(~___, data = ___(eset))
# Count the number of samples modeled by each coefficient
colSums(design)