Проверка дифференциальной экспрессии

Теперь, когда матрица дизайна и матрица контрастов определены, можно проверить наличие дифференциальной экспрессии, вызванной воздействием доксорубицина, у мышей двух генетических типов.

Это упражнение является частью курса

Анализ дифференциальной экспрессии с помощью limma в R

Посмотреть курс

Инструкции к упражнению

В вашем рабочем пространстве уже загружены: объект ExpressionSet eset с данными по доксорубицину, матрица дизайна design и матрица контрастов cm. Пакет limma также подключён.

Подберите коэффициенты модели с помощью lmFit.
Подберите контрасты с помощью contrasts.fit.
Вычислите t-статистики с помощью eBayes.
Обобщите результаты с помощью decideTests и vennDiagram.

Интерактивное практическое упражнение

Попробуйте выполнить это упражнение, дополнив этот пример кода.

# Fit the model
fit <- ___(eset, ___)

# Fit the contrasts
fit2 <- ___(fit, contrasts = ___)

# Calculate the t-statistics for the contrasts
fit2 <- ___(fit2)

# Summarize results
results <- ___(fit2)
summary(results)

# Create a Venn diagram
___(results)

Редактировать и запускать код