Вулканический график
Теперь вы визуализируете степень дифференциальной экспрессии для каждого контраста с помощью вулканического графика, на котором логарифм шансов дифференциальной экспрессии отображается по оси Y, а логарифм кратного изменения — по оси X.
Это упражнение является частью курса
Анализ дифференциальной экспрессии с помощью limma в R
Инструкции к упражнению
Объект подогнанной модели fit2 уже загружен в вашем рабочем пространстве. Пакет limma также загружен.
Извлеките символы генов (
symbol) из фрейма данныхfit2$genes.Постройте вулканический график, выделив топ-5 генов для каждого из 3 контрастов.
Интерактивное практическое упражнение
Попробуйте выполнить это упражнение, дополнив этот пример кода.
# Extract the gene symbols
gene_symbols <- fit2$genes[___]
# Create a volcano plot for the contrast dox_wt
___(fit2, coef = ___, highlight = 5, names = gene_symbols)
# Create a volcano plot for the contrast dox_top2b
___(fit2, coef = ___, highlight = ___, names = gene_symbols)
# Create a volcano plot for the contrast interaction
___(fit2, coef = ___, highlight = ___, names = ___)