Матрица плана для 3 групп
В эксперименте с гипоксией стволовые клетки подвергались воздействию трёх различных уровней кислорода: 1%, 5% и 21%. Чтобы сравнить клеточные функции в этих трёх условиях, используйте параметризацию средних по группам и задайте линейную модель с коэффициентом для каждого уровня кислорода.
Это упражнение является частью курса
Анализ дифференциальной экспрессии с помощью limma в R
Инструкции к упражнению
В вашем рабочем пространстве загружен объект eset типа ExpressionSet с данными по гипоксии.
- С помощью
model.matrixсоздайте матрицу плана без константы. Напомним, что интересующая нас переменная (3 уровня кислорода) находится в столбцеoxygenфрейма данных фенотипов.
Интерактивное практическое упражнение
Попробуйте выполнить это упражнение, дополнив этот пример кода.
# Create design matrix with no intercept
design <- ___(~___ + ___, data = ___(eset))
# Count the number of samples modeled by each coefficient
colSums(design)