Матрица контрастов

Чтобы оценить эффект доксорубицина на сердца мышей дикого типа и мышей с нокаутом Top2b (а также возможное взаимодействие между лечением и генотипом), необходимо сформировать контрасты на основе коэффициентов матрицы дизайна.

Это упражнение является частью курса

Анализ дифференциальной экспрессии с помощью limma в R

Посмотреть курс

Инструкции к упражнению

В вашем рабочем пространстве уже загружены объект ExpressionSet eset с данными по доксорубицину и матрица дизайна design. Пакет limma также подключён.

Создайте dox_wt для оценки эффекта доксорубицина у мышей дикого типа.
Создайте dox_top2b для оценки эффекта доксорубицина у мышей с нокаутом Top2b.
Создайте член взаимодействия, чтобы проверить наличие различий в ответе на доксорубицин между двумя группами мышей (подсказка: противопоставьте dox_top2b и dox_wt).

Интерактивное практическое упражнение

Попробуйте выполнить это упражнение, дополнив этот пример кода.

# Create a contrasts matrix
cm <- makeContrasts(dox_wt = ___ - ___,
                    dox_top2b = ___ - ___,
                    interaction = (___ - ___) - (___ - ___),
                    levels = design)

# View the contrasts matrix
cm

Редактировать и запускать код