Матрица дизайна для факторного эксперимента 2×2
В этом факторном эксперименте 2×2, направленном на изучение влияния засухи на рост деревьев, два вида тополей выращивались при двух разных режимах полива. Чтобы получить по одному коэффициенту модели на каждую группу, необходимо сначала объединить две переменные.
Это упражнение является частью курса
Анализ дифференциальной экспрессии с помощью limma в R
Инструкции к упражнению
Объект ExpressionSet eset с данными о тополях уже загружен в вашем рабочем пространстве.
Объедините переменные
type(вид дерева) иwater(нормальный полив или засуха) в одну факторную переменную.Используйте
model.matrix, чтобы создать матрицу дизайна без свободного члена.
Интерактивное практическое упражнение
Попробуйте выполнить это упражнение, дополнив этот пример кода.
# Create single variable
group <- with(___(eset), paste(___, ___, sep = "."))
group <- factor(group)
# Create design matrix with no intercept
design <- model.matrix(~___ + ___)
colnames(design) <- levels(group)
# Count the number of samples modeled by each coefficient
colSums(design)