Тест на дифференциальную экспрессию по средним значениям групп

Теперь, когда матрица дизайна и матрица контрастов заданы, можно перейти к тесту на дифференциальную экспрессию.

Это упражнение является частью курса

Анализ дифференциальной экспрессии с помощью limma в R

Инструкции к упражнению

В рабочей среде загружены: объект ExpressionSet eset с данными по лейкемии, матрица дизайна (design) и матрица контрастов (cm).

Подберите коэффициенты модели с помощью lmFit.
Подберите контрасты с помощью contrasts.fit.
Вычислите t-статистики с помощью eBayes.
Обобщите результаты с помощью decideTests. Делать подмножество fit2, как это было в параметризации с контрастами обработки, не нужно: в модели со средними значениями групп нет члена интерсепта.

Интерактивное практическое упражнение

Попробуйте выполнить это упражнение, дополнив этот пример кода.

# Load package
library(limma)

# Fit the model
fit <- ___(eset, ___)

# Fit the contrasts
fit2 <- ___(fit, contrasts = ___)

# Calculate the t-statistics for the contrasts
fit2 <- ___(fit2)

# Summarize results
results <- ___(fit2)
summary(results)

Редактировать и запускать код