Проверка дифференциальной экспрессии между двумя группами

Теперь, когда у вас есть объект ExpressionSet и матрица дизайна, вы можете подогнать модель и протестировать её с помощью limma.

Это упражнение является частью курса

Анализ дифференциальной экспрессии с помощью limma в R

Посмотреть курс

Инструкции к упражнению

Объект ExpressionSet eset с данными о лейкемии и матрица дизайна, созданная на предыдущем шаге (design), уже загружены в вашем рабочем пространстве.

Подберите коэффициенты модели с помощью lmFit.
Вычислите t-статистики с помощью eBayes.
Обобщите результаты с помощью decideTests.
Поскольку тестировать свободный член (интерсепт) не имеет смысла, укажите коэффициент "Diseasestable" при вызове decideTests.

Интерактивное практическое упражнение

Попробуйте выполнить это упражнение, дополнив этот пример кода.

# Load package
library(limma)

# Fit the model
fit <- ___(eset, ___)

# Calculate the t-statistics
fit <- ___(fit)

# Summarize results
results <- ___(fit[, "___"])
summary(results)

Редактировать и запускать код