Матрица плана
Эксперимент с доксорубицином построен по факториальному плану 2×2, поэтому для параметризации групповых средних потребуется создать объединённую переменную.
Это упражнение является частью курса
Анализ дифференциальной экспрессии с помощью limma в R
Инструкции к упражнению
В вашем рабочем пространстве загружен объект eset типа ExpressionSet с данными по доксорубицину.
Объедините переменные
genotype(WT или Top2b null) иtreatment(PBS или Dox) в одну факторную переменную.Используйте
model.matrix, чтобы создать матрицу плана без свободного члена.
Интерактивное практическое упражнение
Попробуйте выполнить это упражнение, дополнив этот пример кода.
# Create single variable
group <- with(___(eset), paste(___, ___, sep = "."))
group <- factor(group)
# Create design matrix with no intercept
design <- model.matrix(~___ + ___)
colnames(design) <- levels(group)
# Count the number of samples modeled by each coefficient
colSums(design)