Проверка дифференциальной экспрессии для факторного дизайна 2×2
Даже если контрастов больше, чем в предыдущих примерах, проверка дифференциальной экспрессии с помощью limma выполняется по тому же алгоритму.
Это упражнение является частью курса
Анализ дифференциальной экспрессии с помощью limma в R
Инструкции к упражнению
В рабочем пространстве уже загружены объект ExpressionSet eset с данными Populus, матрица дизайна (design) и матрица контрастов (cm).
Подберите коэффициенты модели с помощью
lmFit.Подберите контрасты с помощью
contrasts.fit.Вычислите t-статистики с помощью
eBayes.Обобщите результаты с помощью
decideTests.
Интерактивное практическое упражнение
Попробуйте выполнить это упражнение, дополнив этот пример кода.
# Load package
library(limma)
# Fit the model
fit <- ___(eset, ___)
# Fit the contrasts
fit2 <- ___(fit, contrasts = ___)
# Calculate the t-statistics for the contrasts
fit2 <- ___(fit2)
# Summarize results
results <- ___(fit2)
summary(results)