Анализ источников вариации

Теперь используйте анализ главных компонент, чтобы выявить источники вариации в данных. Группируются ли образцы по генотипу (WT или Top2b null) и типу обработки (PBS или Dox)?

Это упражнение является частью курса

Анализ дифференциальной экспрессии с помощью limma в R

Посмотреть курс

Инструкции к упражнению

Объект ExpressionSet eset с данными по доксорубицину уже загружен в вашем рабочем пространстве. Пакет limma также подключён.

С помощью plotMDS постройте график главных компонент. Подпишите образцы по их генотипу.
Повторно визуализируйте главные компоненты, подписав образцы по типу обработки.

Интерактивное практическое упражнение

Попробуйте выполнить это упражнение, дополнив этот пример кода.

# Plot principal components labeled by genotype
___(eset, labels = ___(eset)[___], gene.selection = "common")

# Plot principal components labeled by treatment
___(eset, labels = ___(eset)[___], gene.selection = "common")

Редактировать и запускать код