Матрица контрастов для групповых средних

Поскольку вы используете параметризацию групповых средних, в конвейер limma добавляется дополнительный шаг. Теперь коэффициенты представляют средний уровень экспрессии для каждой из двух групп образцов, поэтому нужно задать пользовательский контраст для проверки различий между прогрессирующей и стабильной формами лейкемии.

Это упражнение является частью курса

Анализ дифференциальной экспрессии с помощью limma в R

Посмотреть курс

Инструкции к упражнению

В вашем рабочем пространстве загружены объект eset типа ExpressionSet с данными по лейкемии и матрица дизайна design, которую вы только что создали.

С помощью makeContrasts определите контраст status — разницу в среднем уровне экспрессии между прогрессирующей и стабильной формами рака.
Передайте матрицу дизайна design в аргумент levels. Это позволит использовать имена столбцов design (соответствующие коэффициентам) при определении контрастов.

Интерактивное практическое упражнение

Попробуйте выполнить это упражнение, дополнив этот пример кода.

# Load package
library(limma)

# Create a contrasts matrix
cm <- ___(status = ___ - ___,
                    levels = ___)

# View the contrasts matrix
cm

Редактировать и запускать код