Создание объекта ExpressionSet

Управлять тремя отдельными наборами данных в рамках одного эксперимента неудобно и чревато ошибками, особенно если требуется выполнить фильтрацию. Объедините три набора данных из эксперимента по лейкемии в единый объект с помощью класса ExpressionSet из Bioconductor.

Это упражнение является частью курса

Анализ дифференциальной экспрессии с помощью limma в R

Посмотреть курс

Инструкции к упражнению

В вашем рабочем пространстве загружены: матрица экспрессии (x), данные о признаках (f) и фенотипические данные (p).

Создайте новый объект ExpressionSet с помощью функции ExpressionSet.
Передайте матрицу экспрессии в аргумент assayData.
Передайте фрейм фенотипических данных в аргумент phenoData.
Передайте фрейм данных о признаках в аргумент featureData.

Интерактивное практическое упражнение

Попробуйте выполнить это упражнение, дополнив этот пример кода.

# Load package
library(Biobase)

# Create ExpressionSet object
eset <- ___(assayData = ___,
                      phenoData = AnnotatedDataFrame(___),
                      featureData = AnnotatedDataFrame(___))

# View the number of features (rows) and samples (columns)
dim(eset)

Редактировать и запускать код