Боксплот для Top2b
Теперь выполните проверку: постройте боксплот уровня экспрессии Top2b, чтобы убедиться, что у нокаутных мышей уровень экспрессии Top2b ниже.
Вспомните, что аналогичный боксплот вы строили в главе 1, упражнении 4.
Это упражнение является частью курса
Анализ дифференциальной экспрессии с помощью limma в R
Инструкции к упражнению
В вашем рабочем пространстве загружен объект ExpressionSet eset с данными по доксорубицину.
Найдите строку с данными по Top2b, выполнив поиск значения
"Top2b"в столбце"symbol"фрейма данных признаков.Постройте боксплот, используя синтаксис формулы. Уровень экспрессии укажите слева от
~, а переменную генотипа — справа.Передайте строку фрейма данных признаков в параметр
main, чтобы задать заголовок графика.
Интерактивное практическое упражнение
Попробуйте выполнить это упражнение, дополнив этот пример кода.
# Find the row which contains Top2b expression data
top2b <- which(___(eset)[___] == "Top2b")
# Plot Top2b expression versus genotype
boxplot(___(eset)[top2b, ] ~ ___(eset)[___],
main = ___(eset)[top2b, ])