Визуализация эффектов партий
В эксперименте с обонятельными стволовыми клетками использовалось 7 условий обработки с 4 повторениями каждое — итого 28 образцов. Однако эти 28 образцов были обработаны в 4 отдельных партиях. Эффект условий обработки представляет биологический интерес, тогда как эффект партий является техническим шумом. С помощью снижения размерности определите, какой из этих двух факторов оказал большее влияние на данные об экспрессии генов.
Это упражнение является частью курса
Анализ дифференциальной экспрессии с помощью limma в R
Инструкции к упражнению
Объект ExpressionSet eset с данными об обонятельных стволовых клетках уже загружен в вашем рабочем пространстве.
Используйте
plotMDS, чтобы построить график главных компонент. Подпишите образцы в соответствии с условием обработки и установитеgene.selectionв значение"common".Повторно визуализируйте главные компоненты, подписав образцы в соответствии с их партией.
Интерактивное практическое упражнение
Попробуйте выполнить это упражнение, дополнив этот пример кода.
# Load package
library(limma)
# Plot principal components labeled by treatment
___(eset, labels = pData(eset)[, "___"], gene.selection = "___")
# Plot principal components labeled by batch
___(eset, labels = pData(eset)[, "___"], gene.selection = "___")