Гистограмма p-значений

Гистограмма p-значений — это полезный диагностический график. Высокая плотность малых p-значений свидетельствует о большом числе дифференциально экспрессированных генов, тогда как равномерное распределение указывает на их малое количество. Постройте гистограмму p-значений для исследования лейкемии.

Это упражнение является частью курса

Анализ дифференциальной экспрессии с помощью limma в R

Посмотреть курс

Инструкции к упражнению

В вашем рабочем пространстве загружен объект подогнанной модели fit2 из исследования лейкемии, полученный в главе 2. Пакет limma уже подключён.

С помощью topTable получите сводную статистику для каждого гена.
Чтобы получить результаты для всех генов, задайте аргументу number значение, равное числу строк объекта fit2.
Чтобы отключить сортировку результатов по уровню значимости, задайте аргументу sort.by значение "none".
С помощью hist постройте гистограмму p-значений.

Интерактивное практическое упражнение

Попробуйте выполнить это упражнение, дополнив этот пример кода.

# Obtain the summary statistics for every gene
stats <- ___(fit2, number = ___, sort.by = ___)

# Plot a histogram of the p-values
___(stats[, ___])

Редактировать и запускать код