Пути KEGG
Для интерпретации результатов дифференциальной экспрессии часто используют проверку обогащённости известными наборами генов. База данных KEGG содержит подобранные наборы генов, которые взаимодействуют в рамках одного биологического пути. Какие пути KEGG представлены с избытком среди дифференциально экспрессируемых генов в исследовании лейкемии?
Это упражнение является частью курса
Анализ дифференциальной экспрессии с помощью limma в R
Инструкции к упражнению
Подобранный объект модели из исследования лейкемии, полученный во второй главе, fit2, уже загружен в вашем рабочем пространстве. Пакет limma также подключён.
Извлеките идентификаторы Entrez Gene из фрейма данных
fit2$genes.Проверьте обогащённость путей KEGG с помощью
kegga. Укажите вид"Hs"для Homo sapiens.Просмотрите 20 наиболее обогащённых путей KEGG с помощью
topKEGG.
Интерактивное практическое упражнение
Попробуйте выполнить это упражнение, дополнив этот пример кода.
# Extract the entrez gene IDs
entrez <- fit2$genes[___]
# Test for enriched KEGG Pathways
enrich_kegg <- ___(fit2, geneid = entrez, species = ___)
# View the top 20 enriched KEGG pathways
___(enrich_kegg)