Матрица контрастов для 3 групп

Чтобы выявить дифференциально экспрессируемые гены между каждым из 3 уровней кислорода, необходимо задать 3 попарных контраста.

Это упражнение является частью курса

Анализ дифференциальной экспрессии с помощью limma в R

Посмотреть курс

Инструкции к упражнению

Объект ExpressionSet eset с данными о гипоксии и только что созданная матрица дизайна (design) уже загружены в вашем рабочем пространстве.

С помощью makeContrasts задайте 3 попарных контраста. Не забудьте использовать названия столбцов из матрицы дизайна без кавычек.

Интерактивное практическое упражнение

Попробуйте выполнить это упражнение, дополнив этот пример кода.

# Load package
library(limma)

# Create a contrasts matrix
cm <- makeContrasts(ox05vox01 = ___ - ___,
                    ox21vox01 = ___ - ___,
                    ox21vox05 = ___ - ___,
                    levels = design)

# View the contrasts matrix
cm

Редактировать и запускать код