Создание диаграммы размаха с объектом ExpressionSet

Теперь, когда все экспериментальные данные объединены в один объект ExpressionSet, выбирать нужные признаки и образцы стало значительно удобнее. В этом упражнении вы снова построите диаграмму размаха для визуализации одного гена, но на этот раз также отберёте образцы, которые войдут в график.

Это упражнение является частью курса

Анализ дифференциальной экспрессии с помощью limma в R

Посмотреть курс

Инструкции к упражнению

Объект ExpressionSet eset уже загружен в вашем рабочем пространстве.

Отберите из eset только первые 10 образцов (столбцов).
Постройте диаграмму размаха для 1000-го гена (то есть строки) в eset_sub, используя функции-аксессоры exprs, pData и fData.

Интерактивное практическое упражнение

Попробуйте выполнить это упражнение, дополнив этот пример кода.

# Subset to only include the first 10 samples (columns)
eset_sub <- eset[___]

# Check the dimensions of the subset
dim(eset_sub)

# Create a boxplot of the 1000th gene in eset_sub
boxplot(___(eset_sub)[___, ] ~ ___(eset_sub)[, "Disease"],
        main = ___(eset_sub)[___, "symbol"])

Редактировать и запускать код