Gráfico vulcão
Agora, você vai criar um gráfico vulcão para visualizar a extensão da expressão diferencial no estudo de leucemia, exibindo o log das chances (odds) de expressão diferencial no eixo y versus o log da mudança de expressão (fold change) no eixo x.
Este exercício faz parte do curso
Análise de Expressão Diferencial com limma em R
Instruções do exercício
O objeto do modelo ajustado do estudo de leucemia do Capítulo 2, fit2, foi carregado no seu ambiente. O pacote limma já está carregado.
Crie um gráfico vulcão que destaque os 5 genes principais.
Rotule esses 5 genes principais com seus símbolos gênicos passando a coluna
symboldo data framefit2$genespara o argumentonames.
Exercício interativo prático
Experimente este exercício completando este código de exemplo.
# Create a volcano plot. Highlight the top 5 genes
___(fit2, highlight = ___, names = ___)