Especifique um modelo linear para comparar 2 grupos
Para identificar genes diferencialmente expressos no experimento de leucemia, você precisa traduzir o seguinte modelo linear para R:
onde \(X_{1}\) é igual a 1 para cânceres progressivos e 0 para cânceres estáveis (observação: o R escolhe automaticamente a condição de referência por ordem alfabética).
Este exercício faz parte do curso
Análise de Expressão Diferencial com limma em R
Instruções do exercício
O objeto eset do tipo ExpressionSet com os dados de leucemia foi carregado no seu ambiente de trabalho.
- Use
model.matrixpara construir uma matriz de delineamento com um coeficiente de intercepto e um coeficiente que indique o status da doença.
Exercício interativo prático
Experimente este exercício completando este código de exemplo.
# Create design matrix for leukemia study
design <- ___(~___, data = ___(eset))
# Count the number of samples modeled by each coefficient
colSums(design)