Matriz de contrastes para 3 grupos
Para identificar os genes diferencialmente expressos entre cada um dos 3 níveis de oxigênio, você precisa definir 3 contrastes pareados.
Este exercicio faz parte do curso
Análise de Expressão Diferencial com limma em R
Instruções do exercicio
O objeto eset do tipo ExpressionSet com os dados de hipóxia e a matriz de desenho que você acabou de criar (design) já foram carregados no seu ambiente de trabalho.
- Use
makeContrastspara definir os 3 contrastes pareados. Lembre-se de usar os nomes das colunas da matriz de desenho sem aspas.
exercicio interativo prático
Tente este exercicio completando este código de exemplo.
# Load package
library(limma)
# Create a contrasts matrix
cm <- makeContrasts(ox05vox01 = ___ - ___,
ox21vox01 = ___ - ___,
ox21vox05 = ___ - ___,
levels = design)
# View the contrasts matrix
cm