Vias KEGG
Para ajudar a interpretar os resultados de expressão diferencial, uma técnica comum é testar o enriquecimento em conjuntos de genes conhecidos. O banco de dados KEGG contém conjuntos curados de genes que se sabe interagirem na mesma via biológica. Quais vias KEGG estão super-representadas nos genes diferencialmente expressos do estudo de leucemia?
Este exercício faz parte do curso
Análise de Expressão Diferencial com limma em R
Instruções do exercício
O objeto de modelo ajustado do estudo de leucemia do Capítulo 2, fit2, foi carregado no seu ambiente. O pacote limma já está carregado.
Extraia os IDs de gene Entrez do data frame
fit2$genes.Teste o enriquecimento de vias KEGG com
kegga. Defina a espécie como"Hs"para Homo sapiens.Veja as 20 principais vias KEGG enriquecidas com
topKEGG.
Exercício interativo prático
Experimente este exercício completando este código de exemplo.
# Extract the entrez gene IDs
entrez <- fit2$genes[___]
# Test for enriched KEGG Pathways
enrich_kegg <- ___(fit2, geneid = entrez, species = ___)
# View the top 20 enriched KEGG pathways
___(enrich_kegg)