Enriquecimento de vias
Para entender melhor o efeito dos genes diferencialmente expressos no estudo com doxorrubicina, você vai testar o enriquecimento de vias biológicas conhecidas, curadas no banco de dados KEGG. Quais vias do KEGG estão super-representadas nos genes diferencialmente expressos para os contrastes "dox_wt" e "interaction"?
Este exercício faz parte do curso
Análise de Expressão Diferencial com limma em R
Instruções do exercício
O objeto do modelo ajustado fit2 foi carregado no seu workspace. O pacote limma já está carregado.
Extraia os IDs de genes Entrez do data frame
fit2$genes.Teste o enriquecimento de vias KEGG com
keggapara o contraste"dox_wt". Defina a espécie como"Mm"para Mus musculus.Visualize as 5 principais vias KEGG enriquecidas com
topKEGG.Repita o enriquecimento de vias para o contraste
"interaction".
Exercício interativo prático
Experimente este exercício completando este código de exemplo.
# Extract the entrez gene IDs
entrez <- ___
# Test for enriched KEGG Pathways for contrast dox_wt
enrich_dox_wt <- ___(fit2, coef = ___, geneid = entrez, species = ___)
# View the top 5 enriched KEGG pathways
___(enrich_dox_wt, number = 5)
# Test for enriched KEGG Pathways for contrast interaction
enrich_interaction <- ___(fit2, coef = ___, geneid = ___, species = ___)
# View the top 5 enriched KEGG pathways
___(___, number = ___)