Matriz de contrastes

Para testar o efeito da doxorrubicina nos corações de camundongos do tipo selvagem e nulos para Top2b (e qualquer interação entre tratamento e genótipo), você precisa contrastar os coeficientes da matriz de desenho.

Este exercício faz parte do curso

Análise de Expressão Diferencial com limma em R

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Instruções do exercício

O objeto ExpressionSet eset com os dados de doxorrubicina e a matriz de desenho design foram carregados no seu workspace. O pacote limma já está carregado.

Crie dox_wt para testar o efeito da doxorrubicina nos camundongos do tipo selvagem.
Crie dox_top2b para testar o efeito da doxorrubicina nos camundongos nulos para Top2b.
Crie um termo de interação para testar diferenças na resposta à doxorrubicina entre os dois tipos de camundongos (dica: contraste dox_top2b e dox_wt).

Exercício interativo prático

Experimente este exercício completando este código de exemplo.

# Create a contrasts matrix
cm <- makeContrasts(dox_wt = ___ - ___,
                    dox_top2b = ___ - ___,
                    interaction = (___ - ___) - (___ - ___),
                    levels = design)

# View the contrasts matrix
cm

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