Matriz de contrastes para fatorial 2x2

Há muitos contrastes a serem feitos em um delineamento fatorial 2x2. Você precisa testar as diferenças no tipo de árvore em cada uma das condições de água, as diferenças na resposta à seca para cada uma das árvores e as diferenças na resposta à seca entre os dois tipos de árvore (tradicionalmente chamado de efeito de interação).

Este exercício faz parte do curso

Análise de Expressão Diferencial com limma em R

Ver curso

Instruções do exercício

O objeto ExpressionSet eset com os dados de Populus e a matriz de desenho que você acabou de criar (design) foram carregados no seu workspace.

Crie type_drought para testar o efeito do tipo de árvore (NM6 vs. DN34) na condição de seca.
Crie water_dn34 para testar o efeito da seca nas árvores DN34.
Crie um termo de interação para testar diferenças na resposta à seca entre os dois tipos de árvore (dica: contraste water_nm6 e water_dn34).

Exercício interativo prático

Experimente este exercício completando este código de exemplo.

# Load package
library(limma)

# Create a contrasts matrix
cm <- makeContrasts(type_normal = nm6.normal - dn34.normal,
                    type_drought = ___ - ___,
                    water_nm6 = nm6.drought - nm6.normal,
                    water_dn34 = ___ - ___,
                    interaction = (___ - ___) - (___ - ___),
                    levels = design)

# View the contrasts matrix
cm

Editar e executar o código