Histograma de valores-p

Um bom gráfico de diagnóstico é o histograma de valores-p. Uma alta densidade de valores-p baixos indica muitos genes diferencialmente expressos; já um histograma distribuído uniformemente indica que há poucos. Crie um histograma de valores-p para o estudo de leucemia.

Este exercício faz parte do curso

Análise de Expressão Diferencial com limma em R

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Instruções do exercício

O objeto do modelo ajustado do estudo de leucemia do Capítulo 2, fit2, foi carregado no seu workspace. O pacote limma já está carregado.

Use topTable para obter as estatísticas-resumo de cada gene.
Para obter resultados para todos os genes, defina o argumento number como o número de linhas de fit2.
Para desativar a ordenação dos resultados por nível de significância, defina o argumento sort.by como "none".
Use hist para criar um histograma de valores-p.

Exercício interativo prático

Experimente este exercício completando este código de exemplo.

# Obtain the summary statistics for every gene
stats <- ___(fit2, number = ___, sort.by = ___)

# Plot a histogram of the p-values
___(stats[, ___])

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