Criar um objeto ExpressionSet

Gerenciar 3 conjuntos de dados diferentes para um experimento é trabalhoso e propenso a erros, especialmente se você precisar aplicar algum filtro. Combine os 3 conjuntos de dados do experimento de leucemia em um objeto unificado usando a classe ExpressionSet do Bioconductor.

Este exercício faz parte do curso

Análise de Expressão Diferencial com limma em R

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Instruções do exercício

A matriz de expressão (x), os dados de features (f) e os dados de fenótipo (p) já estão carregados no seu ambiente de trabalho.

Crie um novo objeto ExpressionSet usando a função ExpressionSet.
Passe a matriz de expressão para o argumento assayData.
Passe o data frame de fenótipo para o argumento phenoData.
Passe o data frame de features para o argumento featureData.

Exercício interativo prático

Experimente este exercício completando este código de exemplo.

# Load package
library(Biobase)

# Create ExpressionSet object
eset <- ___(assayData = ___,
                      phenoData = AnnotatedDataFrame(___),
                      featureData = AnnotatedDataFrame(___))

# View the number of features (rows) and samples (columns)
dim(eset)

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