Teste de expressão diferencial para 3 grupos
Agora que você especificou a matriz de delineamento (design) e a matriz de contrastes, pode testar a expressão diferencial.
Este exercício faz parte do curso
Análise de Expressão Diferencial com limma em R
Instruções do exercício
O objeto ExpressionSet eset com os dados de hipóxia, a matriz de delineamento (design) e a matriz de contrastes (cm) já foram carregados no seu ambiente.
Ajuste os coeficientes do modelo com
lmFit.Ajuste os contrastes com
contrasts.fit.Calcule as estatísticas t com
eBayes.Resuma os resultados com
decideTests.
Exercício interativo prático
Experimente este exercício completando este código de exemplo.
# Load package
library(limma)
# Fit the model
fit <- ___(eset, ___)
# Fit the contrasts
fit2 <- ___(fit, contrasts = ___)
# Calculate the t-statistics for the contrasts
fit2 <- ___(fit2)
# Summarize results
results <- ___(fit2)
summary(results)