Visualize efeitos de lote
No experimento com células-tronco olfatórias, houve 7 tratamentos com 4 réplicas cada, totalizando 28 amostras. No entanto, essas 28 amostras foram processadas em 4 lotes separados. O efeito dos tratamentos é de interesse biológico, mas o efeito dos lotes é ruído técnico. Usando redução de dimensionalidade, determine qual desses dois efeitos teve maior impacto nos dados de expressão gênica.
Este exercicio faz parte do curso
Análise de Expressão Diferencial com limma em R
Instruções do exercicio
O objeto ExpressionSet eset com os dados de células-tronco olfatórias foi carregado no seu ambiente.
Use
plotMDSpara plotar os componentes principais. Rotule as amostras pelo tratamento que elas receberam e definagene.selectioncomo"common".Visualize novamente os componentes principais, rotulando as amostras pelo lote.
exercicio interativo prático
Tente este exercicio completando este código de exemplo.
# Load package
library(limma)
# Plot principal components labeled by treatment
___(eset, labels = pData(eset)[, "___"], gene.selection = "___")
# Plot principal components labeled by batch
___(eset, labels = pData(eset)[, "___"], gene.selection = "___")