Teste de expressão diferencial

Agora que você definiu uma matriz de delineamento e uma matriz de contrastes, pode testar a expressão diferencial devido ao tratamento com doxorrubicina nos dois tipos de camundongos.

Este exercício faz parte do curso

Análise de Expressão Diferencial com limma em R

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Instruções do exercício

O objeto ExpressionSet eset com os dados de doxorrubicina, a matriz de delineamento design e a matriz de contrastes cm já foram carregados no seu ambiente. O pacote limma já está carregado.

Ajuste os coeficientes do modelo com lmFit.
Ajuste os contrastes com contrasts.fit.
Calcule as estatísticas t com eBayes.
Resuma os resultados com decideTests e vennDiagram.

Exercício interativo prático

Experimente este exercício completando este código de exemplo.

# Fit the model
fit <- ___(eset, ___)

# Fit the contrasts
fit2 <- ___(fit, contrasts = ___)

# Calculate the t-statistics for the contrasts
fit2 <- ___(fit2)

# Summarize results
results <- ___(fit2)
summary(results)

# Create a Venn diagram
___(results)

Editar e executar o código