Verificar fontes de variação
Agora você precisa usar a análise de componentes principais para verificar as fontes de variação nos dados. As amostras formam clusters por genótipo (WT vs. Top2b nulo) e tratamento (PBS vs. Dox)?
Este exercício faz parte do curso
Análise de Expressão Diferencial com limma em R
Instruções do exercício
O objeto eset do tipo ExpressionSet com os dados de doxorrubicina foi carregado no seu ambiente. O pacote limma já está carregado.
Use
plotMDSpara plotar os componentes principais. Rotule as amostras pelo genótipo.Visualize novamente os componentes principais, rotulando as amostras pelo tratamento.
Exercício interativo prático
Experimente este exercício completando este código de exemplo.
# Plot principal components labeled by genotype
___(eset, labels = ___(eset)[___], gene.selection = "common")
# Plot principal components labeled by treatment
___(eset, labels = ___(eset)[___], gene.selection = "common")